為保障中國-東盟海洋學院獲得東盟國家，特別是近鄰國家相關教育科研機構的支持，地球科學與技術學部、海洋與地球學院積極開展與東盟國家的海洋學術交流合作。中國-東盟海洋學院已與馬來亞大學、馬來西亞登嘉樓大學、馬來西亞博特拉大學、臺灣海洋大學、中國海洋大學進行了多次交流，探討在學生培養、科學研究等方面的合作，并通過邀請專家來訪和召開遠程視頻會議，與馬來亞大學就碩士聯合培養項目進行了深入探討，為后續發展和外部力量支持奠定良好基礎。學院積極舉辦國際學術研討會，如2019年度中國南海會議、中國-印尼海洋可持續發展國際學術研討會；依托廈門大學“海絲學堂”人才培養計劃，2019年，廈門大學、廈門大學馬來西亞分校中國-東盟海洋學院、馬來亞大學、馬來西亞沙巴大學、馬來西亞博特拉大學、美國特拉華大學師生共計92人次分三個航段沿海上絲綢之路南海段，搭乘“嘉庚”號科考船執行廈門-三亞-馬來西亞-廈門航線的海上科學實踐，并于停靠馬來西亞巴生港期間舉辦“嘉庚”號科考船訪問馬來西亞開放日，活動吸引了馬來西亞多所大中學校的師生和社會各界人士近千名參訪者。與廈門大學海洋與地球學院已開展6屆生產實習、實驗室實習、夏令營等形式的師生交流項目，互派師生超200人次；簽署合作協議（與馬來亞大學、印尼茂物農業大學、翰名教育科學基金會與人類生活進步基金會三方協議）。

2019年度中國南海會議

馬來亞大學海洋與地球科學研究所參訪“嘉庚號”

“嘉庚號”馬來西亞開放日